Erhitze reichlich Wasser in einem großen Topf und koche die Muschelnudeln nach Packungsanleitung. (Sie sollten beim Abgießen noch al dente sein, damit sie sich besser befüllen lassen und beim Nachgaren im Ofen nicht zu weich werden.)
Während die Nudeln garen, kannst du auf einer anderen Herdplatte schon die Tomatensauce zubereiten. Schäle dazu Zwiebeln und Knoblauch und hacke beides fein. Erhitze einen Esslöffel Olivenöl in einem Topf und dünste Zwiebel und Knoblauch darin an.
Gib das Tomatenmark dazu und lass es kurz mit anbraten. Lösche dann alles mit den gehackten Tomaten ab und verrühre die Zutaten gut miteinander.
Lass die Tomatensauce etwa fünf Minuten bei niedriger Temperatur köcheln. Schmecke sie dann mit Salz und Pfeffer ab. Optional kannst du die Sauce auch noch mit italienischen Kräutern deiner Wahl verfeinern, zum Beispiel mit Thymian, Oregano oder einer Gewürzmischung.
Stelle die Tomatensauce beiseite. Gieße die Muschelnudeln ab und lass sie abtropfen und etwas abkühlen.
Bereite für die Spinatfüllung zunächst den frischen Spinat vor, indem du ihn wäschst, putzt und gut abtropfen lässt. Größere Stiele kannst du nach Wunsch entfernen.
Schäle dann eine weitere Zwiebel und zwei Knoblauchzehen und hacke sie ebenfalls fein. Erhitze einen Esslöffel Olivenöl in einer großen Pfanne und gib Zwiebel und Knoblauch hinein.
Lass die Zwiebel und den Knoblauch kurz andünsten. Gib dann nach und nach den Spinat dazu und dünste ihn mit, bis er zusammengefallen ist.
Rühre den (veganen) Frischkäse unter den Spinat, sodass du eine cremige Masse erhältst. Würze die Spinat-Frischkäse-Mischung mit Salz und Pfeffer. Schmecke sie mit einer Prise Muskat und einem Spritzer Zitronensaft ab.
Stelle eine Auflaufform bereit und befülle sie mit der vorbereiteten Tomatensauce.
Fülle dann die Muschelnudeln mit der Spinat-Frischkäse-Masse. Setze die Nudeln in die Auflaufform mit der Tomatensauce. Wenn du möchtest, kannst du sie noch mit (veganem) Käse deiner Wahl bestreuen.
Backe die gefüllten Muschelnudeln bei 180 Grad Ober-/Unterhitze etwa 25 Minuten lang.