Schäle die Zwiebel und schneide sie in feine Ringe. Hacke den Knoblauch sowie den Spinat klein. Schneide die Tomaten in kleine Würfel.
Erhitze die vegane Margarine bei mittlerer Temperatur in einer großen Pfanne. Brate die Zwiebel für etwa drei Minuten unter ständigem Rühren darin an. Füge dann die Tomaten und den Knoblauch hinzu. Lasse alles Weitere drei Minuten unter gelegentlichem Rühren braten.
Gib die Tomaten-Passata, die getrockneten Kräuter, den Balsamicoessig, die Hefeflocken und den Zucker in die Pfanne. Lasse die Soße unter gelegentlichem Rühren etwa fünf Minuten lang bei niedriger Hitze köcheln. Füge in der letzten Minute den Spinat hinzu. Schmecke sie anschließend mit Salz und Pfeffer ab.
Gib die Gnocchi in eine ausreichend große Auflaufform. Gieße die Tomaten-Spinat-Soße darüber. Backe den Gnocchi-Spinat-Auflauf bei 180 Grad Ober-/Unterhitze für 20 Minuten.